Pendapat kedua mengatakan bangunan keraton hilang karena adanya bencana alam.
Pendapat ini menyebutkan bahwa bangunan keraton bisa jadi terkubur oleh abu letusan gunung berapi.
Mengingat di kawasan Jawa Timur terdapat banyak gunung aktif. Selain itu ada juga yang berpendapat bahwa keraton Majapahit hilang dikarenakan terkubur lumpur.
Lumpur tersebut berasal dari sungai tempat lahar gunung berapi melintas sehingga mengubur keraton kerajaan Majapahit.
Pendapat ini cukup masuk akal mengingat keraton Majapahit yang diperkirakan berlokasi dekat dengan sungai Brantas.
3. Adanya konflik internal dan serangan dari kerajaan lain
Dalam babad Tanah Jawa disebutkan bahwa sekitar tahun 1400-an Demak Bintoro yang kala itu dipimpin oleh Raden Patah putra Prabu Brawijaya IV menyerang Majapahit dan menghancurkan ibukota kerajaan.
Akan tetapi pendapat tersebut dibantah oleh beberapa ahli yang menyebutkan bahwa babad Tanah Jawa merupakan produk kolonial Belanda.
Produk tersebut dianggap oleh para peneliti memiliki tujuan untuk mengadu domba kaum Islam dengan kaum Hindu Budha.