Tak lama kemudian, ia dilantik menjadi Direktur Reskrim Polda DIY di tahun 2009.
Kemudian pada 2011, Napoleon dipanggil untuk bertugas di Mabes Polri.
Ia mengawali kariernya di Mabes Polri sebagai Kasubdit III Dittipidum Bareskim Polri.
Lalu, di tahun 2012 Napoleon dipercaya menjadi Kabagbinlat Korwas PPNS Bareskrim Polri.
Tiga tahun berselang, ia dilantik sebagai Kabag Bindik Dit Akademik Akpol. Lalu, pada 2016, ia memulai karier sebagai bagian Interpol
Berikut rekam jejak Irjen Napoleon Bonaparte selengkapnya:
2006: Kapolres Ogan Komering Ulu Polda Sumatera Selatan
2008: Wakil Direktur Reskrim Polda Sumatera Selatan
2009: Direktur Reskrim Polda Daerah Istimewa Yogyakarta